Changeset 274

Show
Ignore:
Timestamp:
10/11/09 00:43:34 (1 month ago)
Author:
cholt
Message:

rm blastx but in parameters being passed

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • lib/GI.pm

    r271 r274  
    3434use PhatHit_utils; 
    3535use Shadower; 
    36 #use Bio::DB::Fasta; 
    3736use polisher::exonerate::protein; 
    3837use polisher::exonerate::est; 
    …… 
    16391638   my $blastx      = $CTL_OPT->{_blastx}; 
    16401639   my $bit_blastx  = ($rflag) ? $CTL_OPT->{bit_rm_blastx} : $CTL_OPT->{bit_blastx}; 
    1641    my $eval_blastx = ($rflag) ? $CTL_OPT->{bit_rm_blastx} : $CTL_OPT->{eval_blastx}; 
    1642    my $pcov_blastx = ($rflag) ? $CTL_OPT->{bit_rm_blastx} : $CTL_OPT->{pcov_blastx}; 
    1643    my $pid_blastx  = ($rflag) ? $CTL_OPT->{bit_rm_blastx} : $CTL_OPT->{pid_blastx}; 
     1640   my $eval_blastx = ($rflag) ? $CTL_OPT->{eval_rm_blastx} : $CTL_OPT->{eval_blastx}; 
     1641   my $pcov_blastx = ($rflag) ? $CTL_OPT->{pcov_rm_blastx} : $CTL_OPT->{pcov_blastx}; 
     1642   my $pid_blastx  = ($rflag) ? $CTL_OPT->{pid_rm_blastx} : $CTL_OPT->{pid_blastx}; 
    16441643   my $split_hit   = $CTL_OPT->{split_hit}; #repeat proteins get shatttered later anyway 
    16451644   my $cpus        = $CTL_OPT->{cpus}; 
    …… 
    28472846   if($CTL_OPT{TMP}){ 
    28482847       $CTL_OPT{_TMP} = tempdir("maker_XXXXXX", CLEANUP => 1, DIR => $CTL_OPT{TMP}); 
     2848       set_global_temp($CTL_OPT{_TMP}); 
    28492849   } 
    28502850