Changeset 272

Show
Ignore:
Timestamp:
10/03/09 11:41:34 (2 months ago)
Author:
cholt
Message:

fix runlog for lamorey

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • lib/runlog.pm

    r271 r272  
    7777 
    7878my %SEEN; 
    79 my $CWD = Cwd::getcwd(); 
    8079 
    8180#------------------------------------------------------------------------------- 
    …… 
    108107   print STDERR "\n\n\n--Next Contig--\n\n" unless($main::quiet); 
    109108 
    110    $CWD = $self->{CTL_OPTIONS}->{CWD}; 
     109   $self->{CWD} = $self->{CTL_OPTIONS}->{CWD}; 
    111110   my $min_contig = $self->{CTL_OPTIONS}->{min_contig}; 
    112111   my $length = $self->{params}->{seq_length}; 
    …… 
    149148    my $self = shift; 
    150149 
     150    my $CWD = $self->{CWD}; 
    151151    my $the_void = $self->{params}->{the_void}; 
    152152    my %CTL_OPTIONS = %{$self->{CTL_OPTIONS}}; 
    …… 
    213213                    $new =~ s/^$cwd\/*//; 
    214214 
    215                     #temp lamprey 
    216                     $old =~ s/^\/*scratch\/serial[^\/]*\/u0045039\/lamprey2\/*//; 
    217                     $new =~ s/^\/*scratch\/serial[^\/]*\/u0045039\/lamprey2\/*//; 
    218  
    219215                    #only continue if change not already happening 
    220216                    #because of a new gff3 file 
    …… 
    266262                    $log_val = 1; 
    267263                } 
     264 
     265                #temp lamprey 
     266                $log_val =~ s/^\/*scratch\/serial[^\/]*\/u0045039\/lamprey2\/*//; 
     267                $ctl_val =~ s/^\/*scratch\/serial[^\/]*\/u0045039\/lamprey2\/*//; 
    268268                 
    269269                #if previous log options are not the same as current control file options 
    …… 
    377377                    print STDERR "MAKER WARNING: The file $key\n". 
    378378                        "did not finish on the last run and must be erased\n"; 
     379                    #temp lamprey 
     380                    $key =~ s/^\/*scratch\/serial[^\/]*\/u0045039\/lamprey2\/*//; 
     381 
    379382                    push(@files, $key); 
    380383 
    …… 
    601604   my $self = shift; 
    602605 
     606   my $CWD = $self->{CWD}; 
    603607   my $log_file = $self->{file_name}; 
    604608    
    …… 
    610614 
    611615   #log control file options 
    612    my $cwd = ($CWD) ?$CWD : Cwd::getcwd(); 
     616   my $cwd = ($CWD) ? $CWD : Cwd::getcwd(); 
    613617  
    614618   foreach my $key (@ctl_to_log) { 
    …… 
    639643   my $value = shift; 
    640644 
     645   my $CWD = $self->{CWD}; 
    641646   my $log_file = $self->{file_name}; 
    642647   my $cwd = ($CWD) ?$CWD : Cwd::getcwd();