Changeset 246

Show
Ignore:
Timestamp:
08/25/09 12:23:02 (3 months ago)
Author:
cholt
Message:

fix genemark bug

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • lib/Widget/genemark.pm

    r242 r246  
    6666    close($IN); 
    6767 
    68     if($line =~ /eukariotyc|eukaryotic/i){ #spelled wrong in version 3.9 
     68    if($line && $line =~ /eukariotyc|eukaryotic/i){ #spelled wrong in version 3.9 
    6969        return parse_eukaryotic($report, $params, $q_file); 
    7070    } 
    71     elsif($line =~ /prokaryotic/i){ 
     71    elsif($line && $line =~ /prokaryotic/i){ 
    7272        return parse_prokaryotic($report, $params, $q_file); 
    7373    } 

  • lib/Widget/genemark/gmhmm_wrap

    r244 r246  
    148148my @files = <$tempdir/gm_dna.fa_*>; 
    149149 
     150if(! @files){ 
     151    push(@files, $s_in); 
     152} 
     153 
    150154#run GeneMark on each split fasta 
    151155my @lst_files; 
    …… 
    166170        $offsets{Cwd::abs_path($file)} = $1; 
    167171    } 
     172    elsif(@files == 1){ 
     173        $offsets{Cwd::abs_path($file)} = 0; 
     174    } 
    168175    else{ 
    169176        die "ERROR: Logic error in getting offset\n"; 
    …… 
    210217        if($line =~ /^Sequence name:\s*([^\n]+)/){ 
    211218            $offset = $offsets{Cwd::abs_path($1)}; 
    212             die "ERROR: Logic error getting offset from hash\n" if(! defined $offset); 
    213  
     219            if(! defined $offset && @files == 1){ 
     220                $offset = 0; 
     221            } 
     222            elsif(! defined $offset){ 
     223                die "ERROR: Logic error getting offset from hash\n"; 
     224            } 
     225             
    214226            if($header_flag){ 
    215227                $line =~ s/^(Sequence name:\s*)[^\s]+(\s*\n)$/$1$infile$2/;