Changeset 236

Show
Ignore:
Timestamp:
07/14/09 23:35:46 (4 months ago)
Author:
cholt
Message:

fix usage

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • MPI/mpi_maker

    r210 r236  
    145145 
    146146     -predictor|p <type>  Selects the predictor(s) to use when building 
    147                           annotations.  Use a ',' to seperate types (no spaces). 
    148                           i.e. -predictor=snap,augustus,fgenesh 
    149  
    150                           types: snap 
    151                                  augustus 
    152                                  fgenesh 
    153                                  genemark 
    154                                  est2genome (Uses EST's directly) 
    155                                  abinit (ab-initio predictions) 
    156                                  model_gff (Passes through GFF3 annotations) 
     147                          annotations.  Defines a pool of gene models for 
     148                          annotation selection. 
     149 
     150                          types: snap 
     151                                 augustus 
     152                                 fgenesh 
     153                                 genemark 
     154                                 est2genome (Uses EST's directly) 
     155                                 model_gff (Pass through GFF3 annotations) 
     156                                 pred_gff (Uses passed through GFF3 predictions) 
     157 
     158                          Use a ',' to seperate types (nospaces) 
     159                          i.e. -predictor=snap,augustus,fgenesh 
    157160 
    158161     -RM_off|R           Turns all repeat masking off. 

  • bin/maker

    r198 r236  
    114114 
    115115     -predictor|p <type>  Selects the predictor(s) to use when building 
    116                           annotations.  Use a ',' to seperate types (no spaces). 
    117                           i.e. -predictor=snap,augustus,fgenesh 
     116                          annotations.  Defines a pool of gene models for 
     117                          annotation selection. 
    118118 
    119119                          types: snap 
    …… 
    122122                                 genemark 
    123123                                 est2genome (Uses EST's directly) 
    124                                  abinit (ab-initio predictions) 
    125                                  model_gff (Passes through GFF3 annotations) 
     124                                 model_gff (Pass through GFF3 annotations) 
     125                                 pred_gff (Uses passed through GFF3 predictions) 
     126 
     127                          Use a ',' to seperate types (nospaces) 
     128                          i.e. -predictor=snap,augustus,fgenesh 
     129 
    126130 
    127131     -RM_off|R           Turns all repeat masking off.