Changeset 195

Show
Ignore:
Timestamp:
04/07/09 16:36:40 (8 months ago)
Author:
cholt
Message:

fix dumper GFFDB, and added again option to maker

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • MPI/mpi_maker

    r176 r195  
    165165                         This will require all blast analyses to be rerun. 
    166166 
     167     -again|a            Caculate all annotations and output files again even if 
     168                         no settings have changed. 
     169 
    167170     -evaluate|e         Run Evaluator on final annotations (under development). 
    168171 
    …… 
    255258               "retry=i" =>\$OPT{retry}, 
    256259               "evaluate" =>\$OPT{evaluate}, 
     260               "again|a" =>\$OPT{again}, 
    257261               "quiet" =>\$main::quiet, 
    258262               "CTL" => sub {GI::generate_control_files() if($rank == $root); MPI_Finalize(); exit(0);}, 

  • bin/maker

    r194 r195  
    132132 
    133133     -force|f            Forces maker to delete old files before running again. 
    134                          This will require all blast analyses to be rerun. 
     134                         This will require all blast analyses to be re-run. 
     135 
     136     -again|a            Caculate all annotations and output files again even if 
     137                         no settings have changed. 
    135138 
    136139     -evaluate|e         Run Evaluator on final annotations (under development). 
    …… 
    164167               "retry=i" =>\$OPT{retry}, 
    165168               "evaluate" =>\$OPT{evaluate}, 
     169               "again|a" =>\$OPT{again}, 
    166170               "quiet" =>\$main::quiet, 
    167171               "CTL" => sub {GI::generate_control_files(); exit(0);}, 

  • lib/GFFDB.pm

    r194 r195  
    717717    my @anns; 
    718718    if(@anns = $g->{f}->annotation->get_all_annotation_keys()){ #sometimes bioperl does this, version? 
    719         @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
     719        @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^Parent$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
    720720        foreach my $ann (@anns){ 
    721721            my @list = $g->{f}->annotation->get_Annotations(); 
    …… 
    725725    } 
    726726    elsif(@anns = $g->{f}->get_all_tags){ #sometimes bioperl does this, version? 
    727         @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
     727        @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^Parent$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
    728728        foreach my $ann (@anns){ 
    729729            my @list = $g->{f}->get_tag_values($ann); 
    …… 
    760760        my @anns; 
    761761        if(@anns = $t->{f}->annotation->get_all_annotation_keys()){ #sometimes bioperl does this, version? 
    762             @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
     762            @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^Parent$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
    763763            foreach my $ann (@anns){ 
    764764                my @list = $t->{f}->annotation->get_Annotations(); 
    …… 
    768768        } 
    769769        elsif(@anns = $t->{f}->get_all_tags){ #sometimes bioperl does this, version? 
    770             @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
     770            @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^Parent$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
    771771            foreach my $ann (@anns){ 
    772772                my @list = $t->{f}->get_tag_values($ann); 
    …… 
    10731073        my @anns; 
    10741074        if(@anns = $e->{f}->annotation->get_all_annotation_keys()){ #sometimes bioperl does this, version? 
    1075             @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
     1075            @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^Parent$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
    10761076            foreach my $ann (@anns){  
    10771077                my @list = $e->{f}->annotation->get_Annotations(); 
    …… 
    10811081        } 
    10821082        elsif(@anns = $e->{f}->get_all_tags){ #sometimes bioperl does this, version? 
    1083             @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
     1083            @anns = grep {!/^ID$|^Name$|^Target$|^Parent$|^_AED$|^_QI$/} @anns; 
    10841084            foreach my $ann (@anns){ 
    10851085                my @list = $e->{f}->get_tag_values($ann); 

  • lib/GI.pm

    r184 r195  
    21172117      $CTL_OPT{'single_exon'} = 0; 
    21182118      $CTL_OPT{'single_length'} = 250; 
    2119       $CTL_OPT{'min_protein'} = 30; 
     2119      $CTL_OPT{'min_protein'} = 0; 
    21202120      $CTL_OPT{'keep_preds'} = 0; 
    21212121      $CTL_OPT{'retry'} = 1; 
    …… 
    22582258   $CTL_OPT{cpus} = $OPT{cpus} if (defined $OPT{cpus}); 
    22592259   $CTL_OPT{clean_try} = $OPT{clean_try} if (defined $OPT{clean_try}); 
     2260   $CTL_OPT{again} = $OPT{again} if (defined $OPT{again}); 
    22602261 
    22612262   #skip repeat masking command line option 
    …… 
    24792480      $CTL_OPT{min_contig} = 1; 
    24802481   } 
    2481    if ($CTL_OPT{min_contig} <= 0) { 
    2482       warn "WARNING: \'min_protein\' must be set to 1 or higher.\n". 
    2483       "min_protein will be reset to 1\n\n"; 
    2484       $CTL_OPT{min_protein} = 1; 
     2482   if ($CTL_OPT{min_contig} < 0) { 
     2483      warn "WARNING: \'min_protein\' must be set to 0 or higher.\n". 
     2484      "min_protein will be reset to 0\n\n"; 
     2485      $CTL_OPT{min_protein} = 0; 
    24852486   } 
    24862487   if ($CTL_OPT{retry} < 0) { 

  • lib/runlog.pm

    r193 r195  
    2727                  'predictor', 
    2828                  'run', 
    29                   'sort_base', 
    3029                  'snaphmm', 
    3130                  'gmhmm', 
    …… 
    174173                $continue_flag = -1 if($self->{die_count} > $CTL_OPTIONS{retry}); #only let die up to count 
    175174                $rm_key{retry}++ if ($continue_flag == 2); 
    176             } 
    177         } 
    178         elsif ($CTL_OPTIONS{force}) { 
     175                $SEEN{$log_file}++; 
     176            } 
     177        } 
     178        elsif ($CTL_OPTIONS{force} && ! $SEEN{$log_file}) { 
    179179            $rm_key{force}++; 
    180180            $continue_flag = 1; #run/re-run 
     181            $SEEN{$log_file}++; 
     182        } 
     183        elsif ($CTL_OPTIONS{again} && ! $SEEN{$log_file}){ 
     184            $continue_flag = 1; #run/re-run 
     185            $SEEN{$log_file}++; 
    181186        } 
    182187        else { 
    183188            $continue_flag = 0 if (-e $gff_file); #don't re-run finished 
     189            $SEEN{$log_file}++; 
    184190        } 
    185191         
    …… 
    239245                     
    240246                    if($key ne 'evaluate' && 
    241                        $key ne 'enable_fathom'){ 
     247                       $key ne 'enable_fathom' && 
     248                       $key ne 'keep_preds' && 
     249                       $key ne 'other_pass' && 
     250                       $key ne 'other_gff' && 
     251                       $key ne 'alt_peptide' 
     252                      ){ 
    242253                        $rm_key{preds}++; #almost all changes affect final predictions 
    243254                    }