Changeset 185

Show
Ignore:
Timestamp:
03/31/09 16:14:50 (8 months ago)
Author:
cholt
Message:

fix auto_annotator error and control files error and updarte gff3.tiers

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • Apollo/gff3.tiers

    r182 r185  
    517517label : GENMARK 
    518518tiername : Gene Prediction 
     519datatype : genemark 
    519520datatype : genemark:dummy 
    520 datatype : GeneMark 
    521 datatype : genemark 
    522521datatype : genemark_masked 
    523522datatype : genemark_masked:dummy 
     523datatype : GeneMark 
    524524datatype : pred_gff:GeneMark 
    525525glyph : DrawableResultFeatureSet 
    …… 
    535535label : SNAP 
    536536tiername : Gene Prediction 
     537datatype : snap 
    537538datatype : snap:dummy 
    538 datatype : snap 
    539539datatype : snap_masked 
    540540datatype : snap_masked:dummy 
    …… 
    550550label : Fgenesh 
    551551tiername : Gene Prediction 
     552datatype : fgenesh 
    552553datatype : fgenesh:dummy 
    553554datatype : fgenesh_masked 
    554555datatype : fgenesh_masked:dummy 
    555 datatype : fgenesh 
    556556glyph : DrawableResultFeatureSet 
    557557color : 255,153,255 
    …… 
    569569tiername : Gene Prediction 
    570570datatype : augustus 
     571datatype : augustus:dummy 
    571572datatype : augustus_masked 
    572573datatype : augustus_masked:dummy 
    573 datatype : augustus:dummy 
    574574glyph : DrawableResultFeatureSet 
    575575color : 255,204,255 
    …… 
    15901590groupby : HOMOLOGY 
    15911591 
     1592[Type] 
     1593label : P_oligandrum 
     1594tiername : Exonerate::EST2Genome 
     1595datatype : est2genome:P_oligandrum 
     1596datatype : est2genome:P_oligandrum; 
     1597glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1598color : 250,250,210 
     1599column : GENOMIC_LENGTH 
     1600column : MATCH_LENGTH 
     1601column : GENOMIC_RANGE 
     1602column : MATCH_RANGE 
     1603column : SCORE 
     1604sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1605groupby : HOMOLOGY 
     1606 
     1607[Type] 
     1608label : P_ultimum_Sanger 
     1609tiername : Exonerate::EST2Genome 
     1610datatype : est2genome:P_ultimum_Sanger 
     1611datatype : est2genome:P_ultimum_Sanger; 
     1612glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1613color : 240,240,202 
     1614column : GENOMIC_LENGTH 
     1615column : MATCH_LENGTH 
     1616column : GENOMIC_RANGE 
     1617column : MATCH_RANGE 
     1618column : SCORE 
     1619sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1620groupby : HOMOLOGY 
     1621 
     1622 
     1623[Type] 
     1624label : P_ultimum_454_Sanger 
     1625tiername : Exonerate::EST2Genome 
     1626datatype : est2genome:P_ultimum_454_Sanger 
     1627datatype : est2genome:P_ultimum_454_Sanger; 
     1628glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1629color : 230,230,194 
     1630column : GENOMIC_LENGTH 
     1631column : MATCH_LENGTH 
     1632column : GENOMIC_RANGE 
     1633column : MATCH_RANGE 
     1634column : SCORE 
     1635sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1636groupby : HOMOLOGY 
     1637 
    15921638[Tier] 
    15931639tiername : Exonerate::Protein2Genome 
    …… 
    16001646datatype : protein2genome 
    16011647glyph : DrawableResultFeatureSet 
    1602 color : yellow 
     1648color : 255,255,0 
     1649column : GENOMIC_LENGTH 
     1650column : MATCH_LENGTH 
     1651column : GENOMIC_RANGE 
     1652column : MATCH_RANGE 
     1653column : SCORE 
     1654sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1655groupby : HOMOLOGY 
     1656 
     1657[Type] 
     1658label : Protein2Genome::UniProt_SwissProt 
     1659tiername : Exonerate::Protein2Genome 
     1660datatype : protein2genome:UniProt_SwissProt 
     1661datatype : protein2genome:UniProt_SwissProt; 
     1662glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1663color : 255,255,0 
     1664column : GENOMIC_LENGTH 
     1665column : MATCH_LENGTH 
     1666column : GENOMIC_RANGE 
     1667column : MATCH_RANGE 
     1668column : SCORE 
     1669sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1670groupby : HOMOLOGY 
     1671 
     1672[Type] 
     1673label : Protein2Genome::Phytophthora 
     1674tiername : Exonerate::Protein2Genome 
     1675datatype : protein2genome:Phytophthora 
     1676datatype : protein2genome:Phytophthora; 
     1677glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1678color : 255,255,110 
    16031679column : GENOMIC_LENGTH 
    16041680column : MATCH_LENGTH 
    …… 
    16291705groupby : HOMOLOGY 
    16301706 
     1707[Type] 
     1708label : BLASTN::P_ultimum_454_Sanger 
     1709tiername : BLASTN 
     1710datatype : blastn:P_ultimum_454_Sanger 
     1711datatype : blastn:P_ultimum_454_Sanger; 
     1712glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1713color : 102,204,0 
     1714column : GENOMIC_LENGTH 
     1715column : MATCH_LENGTH 
     1716column : GENOMIC_RANGE 
     1717column : MATCH_RANGE 
     1718column : SCORE 
     1719sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1720groupby : HOMOLOGY 
     1721 
     1722[Type] 
     1723label : BLASTN::P_ultimum_Sanger 
     1724tiername : BLASTN 
     1725datatype : blastn:P_ultimum_Sanger 
     1726datatype : blastn:P_ultimum_Sanger; 
     1727glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1728color : 102,204,102 
     1729column : GENOMIC_LENGTH 
     1730column : MATCH_LENGTH 
     1731column : GENOMIC_RANGE 
     1732column : MATCH_RANGE 
     1733column : SCORE 
     1734sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1735groupby : HOMOLOGY 
     1736 
     1737[Type] 
     1738label : BLASTN::P_oligandrum 
     1739tiername : BLASTN 
     1740datatype : blastn:P_oligandrum 
     1741datatype : blastn:P_oligandrum; 
     1742glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1743color : 102,153,102 
     1744column : GENOMIC_LENGTH 
     1745column : MATCH_LENGTH 
     1746column : GENOMIC_RANGE 
     1747column : MATCH_RANGE 
     1748column : SCORE 
     1749sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1750groupby : HOMOLOGY 
     1751 
    16311752[Tier] 
    16321753tiername : BLASTX 
    …… 
    16491770sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
    16501771groupby : HOMOLOGY 
     1772 
     1773[Type] 
     1774label : BLASTX::UniProt_SwissProt 
     1775tiername : BLASTX 
     1776datatype : blastx:UniProt_SwissProt 
     1777datatype : blastx:UniProt_SwissProt; 
     1778glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1779color : pink 
     1780column : GENOMIC_LENGTH 
     1781column : MATCH_LENGTH 
     1782column : GENOMIC_RANGE 
     1783column : MATCH_RANGE 
     1784column : SCORE 
     1785sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1786groupby : HOMOLOGY 
     1787 
     1788[Type] 
     1789label : BLASTX::Phytophthora 
     1790tiername : BLASTX 
     1791datatype : blastx:Phytophthora 
     1792datatype : blastx:Phytophthora; 
     1793glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1794color : 255,51,204 
     1795column : GENOMIC_LENGTH 
     1796column : MATCH_LENGTH 
     1797column : GENOMIC_RANGE 
     1798column : MATCH_RANGE 
     1799column : SCORE 
     1800sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1801groupby : HOMOLOGY 
     1802 
     1803[Tier] 
     1804tiername : TBLASTX 
     1805expanded : true 
     1806 
     1807[Type] 
     1808label : TBLASTX 
     1809tiername : TBLASTX 
     1810datatype : tblastx 
     1811glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1812color : 102,51,102 
     1813usescore : true 
     1814column : SCORE 
     1815column : identity 
     1816column : expect 
     1817column : query_frame 
     1818column : GENOMIC_RANGE 
     1819column : MATCH_RANGE 
     1820column : GENOMIC_LENGTH 
     1821column : MATCH_LENGTH 
     1822sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1823groupby : HOMOLOGY 
     1824 
     1825[Type] 
     1826label : TBLASTX::Other_Oomycete 
     1827tiername : TBLASTX 
     1828datatype : tblastx:Other_Oomycete 
     1829datatype : tblastx:Other_Oomycete; 
     1830glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1831color : 103,51,102 
     1832usescore : true 
     1833column : SCORE 
     1834column : identity 
     1835column : expect 
     1836column : query_frame 
     1837column : GENOMIC_RANGE 
     1838column : MATCH_RANGE 
     1839column : GENOMIC_LENGTH 
     1840column : MATCH_LENGTH 
     1841sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1842groupby : HOMOLOGY 
     1843 
     1844[Type] 
     1845label : TBLASTX::Phytophthora 
     1846tiername : TBLASTX 
     1847datatype : tblastx:Phytophthora 
     1848datatype : tblastx:Phytophthora; 
     1849glyph : DrawableResultFeatureSet 
     1850color : 102,51,153 
     1851usescore : true 
     1852column : SCORE 
     1853column : identity 
     1854column : expect 
     1855column : query_frame 
     1856column : GENOMIC_RANGE 
     1857column : MATCH_RANGE 
     1858column : GENOMIC_LENGTH 
     1859column : MATCH_LENGTH 
     1860sortbycolumn : GENOMIC_RANGE 
     1861groupby : HOMOLOGY 

  • lib/Process/MpiChunk.pm

    r183 r185  
    649649            my $preds = []; 
    650650            if(! $CTL_OPT{_no_mask}){  
    651                 GI::abinits($masked_file, 
    652                             $the_void, 
    653                             $safe_seq_id.".masked", 
    654                             \%CTL_OPT, 
    655                             $LOG 
    656                             ); 
     651                $preds = GI::abinits($masked_file, 
     652                                    $the_void, 
     653                                    $safe_seq_id.".masked", 
     654                                    \%CTL_OPT, 
     655                                    $LOG 
     656                                    ); 
    657657             
    658658                #add tag that says these are masked 

  • lib/maker/auto_annotator.pm

    r183 r185  
    862862                push(@p_keepers, $g) if($g->{AED} < 1  || $key eq 'model_gff'); 
    863863            } 
    864             elsif($g->{g_strand} == -s){ 
     864            elsif($g->{g_strand} == -1){ 
    865865                push(@m_keepers, $g) if($g->{AED} < 1  || $key eq 'model_gff'); 
    866866            } 
    …… 
    937937        foreach my $t (@{$g->{t_structs}}){ 
    938938            #check EST splice sites and abinits first (fast) 
    939             my @qi = split('|', $t->{t_qi}); #get spliced EST and abinit support 
     939            my @qi = split(/\|/, $t->{t_qi}); #get spliced EST and abinit support 
    940940            if($qi[1] > 0 || $qi[5] > 0){ 
    941941                push(@m_final,$g);