Changeset 182

Show
Ignore:
Timestamp:
03/26/09 22:50:47 (8 months ago)
Author:
cholt
Message:

augustus bug fix and gff3.tiers edit

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • Apollo/gff3.tiers

    r151 r182  
    519519datatype : genemark:dummy 
    520520datatype : GeneMark 
     521datatype : genemark 
     522datatype : genemark_masked 
     523datatype : genemark_masked:dummy 
    521524datatype : pred_gff:GeneMark 
    522525glyph : DrawableResultFeatureSet 
    …… 
    534537datatype : snap:dummy 
    535538datatype : snap 
     539datatype : snap_masked 
     540datatype : snap_masked:dummy 
    536541glyph : DrawableResultFeatureSet 
    537542color : 153,255,204 
    …… 
    546551tiername : Gene Prediction 
    547552datatype : fgenesh:dummy 
     553datatype : fgenesh_masked 
     554datatype : fgenesh_masked:dummy 
     555datatype : fgenesh 
    548556glyph : DrawableResultFeatureSet 
    549557color : 255,153,255 
    …… 
    561569tiername : Gene Prediction 
    562570datatype : augustus 
     571datatype : augustus_masked 
     572datatype : augustus_masked:dummy 
    563573datatype : augustus:dummy 
    564574glyph : DrawableResultFeatureSet 

  • lib/Widget/augustus.pm

    r168 r182  
    337337        my $stuff = shift; 
    338338 
    339  
    340  
    341339        shift(@{$stuff}); 
    342340 
    …… 
    462460                    foreach my $l (@stuff){ 
    463461                        if($l =~ /^\#/){ #maybe important someday 
    464                             foreach my $s (@multi_stuff){ 
    465                                 push(@$s, $l); 
     462                            for (my $i = 0; $i < $t_count; $i++){ 
     463                                push(@{$multi_stuff[$i]}, $l); 
    466464                            } 
    467465                        } 
    468466                        elsif($l =~ /^[^\s]+\s+AUGUSTUS\s+gene\s+/){ 
    469                             foreach my $s (@multi_stuff){ 
    470                                 push(@$s, $l); 
     467                            for (my $i = 0; $i < $t_count; $i++){ 
     468                                push(@{$multi_stuff[$i]}, $l); 
    471469                            } 
    472470                        } 
    …… 
    477475                        elsif($l =~ /^[^\s]+\s+AUGUSTUS\s+[^\s]+\s+/){ 
    478476                            push(@{$multi_stuff[$count-1]}, $l); 
     477                        } 
     478                        else{ 
     479                            for (my $i = 0; $i < $t_count; $i++){ 
     480                                push(@{$multi_stuff[$i]}, $l); 
     481                            } 
    479482                        } 
    480483                    } 

  • lib/runlog.pm

    r173 r182  
    2929                  'sort_base', 
    3030                  'snaphmm', 
     31                  'gmhmm', 
    3132                  'augustus_species', 
    3233                  'fgenesh_species', 
    …… 
    3637                  'split_hit', 
    3738                  'pred_flank', 
     39                  'min_protein', 
    3840                  'single_exon', 
    3941                  'single_length',