Changeset 146

Show
Ignore:
Timestamp:
02/09/09 16:49:11 (10 months ago)
Author:
cholt
Message:

temporarily disabled evaluator AED

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • MPI/mpi_maker

    r144 r146  
    150150                                 augustus 
    151151                                 fgenesh 
    152                                  twinscan 
    153152                                 est2genome (Uses EST's directly) 
    154153                                 abinit (ab-initio predictions) 

  • bin/maker

    r144 r146  
    7171     Maker is a program that produces gene annotations in gff3 file format using 
    7272     evidence such as EST alignments and protein homology.  Maker can be used to 
    73      produce gene annotations for new genome as well as update annoations from 
     73     produce gene annotations for new genomes as well as update annoations from 
    7474     existing genome databases. 
    7575 
    7676     The four input arguments are user control files that specify how maker 
    77      should behave. All options for maker should be set in the control files, 
    78      but a few can also be set on the command line.  The evaluator_opts.ctl 
    79      file contains control options specific for the evaluation of gene 
    80      annotations. 
     77     should behave. The evaluator_opts file contains control options specific 
     78     for the evaluation of gene annotations. All options for maker should be set 
     79     in the control files, but a few can also be set on the command line. 
     80     Command line options provide a convenient machanism to override commonly 
     81     altered control file values. 
    8182 
    8283     Input files listed in the control options files must be in fasta format. 
    83      Please see maker documentation to learn more about control file format. 
    84      The program will automatically try and locate the user control files in the 
    85      current working directory if these arguments are not supplied when 
    86      initializing maker. 
     84     Please see maker documentation to learn more about control file 
     85     configuration.  Maker will automatically try and locate the user control 
     86     files in the current working directory if these arguments are not supplied 
     87     when initializing maker. 
    8788 
    8889     It is important to note that maker does not try and recalculated data that 
    8990     it has already calculated.  For example, if you run an analysis twice on 
    90      the same fasta file you will notice that maker does not rerun any of the 
    91      blast analyses but instead uses the blast analyses stored from the previous 
    92      run.  To force maker to rerun all analyses, use the -f flag. 
     91     the same dataset file you will notice that maker does not rerun any of the 
     92     blast analyses, but instead uses the blast analyses stored from the 
     93     previous run.  To force maker to rerun all analyses, use the -f flag. 
    9394 
    9495 
    9596Options: 
    9697 
    97      -genome|g  <filename>  Give MAKER a different genome file (this overrides 
    98                             the control file value). 
    99  
    100      -predictor|p  <type>   Selects the gene predictor/predictors to use when  
    101                             building annotations (this overrides the control 
    102                             file value).  Use a ',' to seperate types (no  
    103                             spaces), i.e. -predictor=snap,augustus,fgenesh 
    104  
    105                             Types: snap 
    106                                    augustus 
    107                                    fgenesh 
    108                                    twinscan 
    109                                    est2genome (Uses EST's directly) 
    110                                    gff (Passes through gff3 file annotations) 
    111  
    112      -RM_off|R               Turns all repeat masking off.  When using this 
    113                              flag, maker expects that the input genome file is 
    114                              already masked (This overrides all repeatmasking 
    115                              control file values). 
    116  
    117      -datastore|d            Causes output to be written using a datastore. This 
    118                              option is automatically enabled if there are more 
    119                              than 1000 fasta entries in the input genome file. 
    120                              Output can then be accessed using the 
    121                              master_datastore_index file created by the maker 
    122                              (this overrides the control file value). 
    123  
    124      -retry     <integer>    Re-run failed contigs up to the specified number of 
    125                              re-tries (This overrides the control file value). 
    126  
    127      -cpus|c    <integer>    Tells how many cpus to use for BLAST analysis (this 
    128                              overrides contorol file value). 
    129  
    130      -force|f                Forces maker to rerun all analyses (erases all 
    131                              previous output). 
    132  
    133      -quiet|q                Silences most of the status messages. 
    134  
    135      -CTL                    Generates generic control files in the current 
    136                              working directory. 
    137  
    138      -help|?                 Prints this usage statement. 
     98     -genome|g <filename> Specify the genome file. 
     99 
     100     -predictor|p <type>  Selects the predictor(s) to use when building 
     101                          annotations.  Use a ',' to seperate types (no spaces). 
     102                          i.e. -predictor=snap,augustus,fgenesh 
     103 
     104                          types: snap 
     105                                 augustus 
     106                                 fgenesh 
     107                                 est2genome (Uses EST's directly) 
     108                                 abinit (ab-initio predictions) 
     109                                 gff (Passes through gff3 file annotations) 
     110 
     111     -RM_off|R           Turns all repeat masking off. 
     112 
     113     -retry   <integer>  Rerun failed contigs up to the specified count. 
     114 
     115     -cpus|c  <integer>  Tells how many cpus to use for BLAST analysis. 
     116 
     117     -force|f            Forces maker to delete old files before running again. 
     118                         This will require all blast analyses to be rerun. 
     119 
     120     -quiet|q            Silences most of maker's status messages. 
     121 
     122     -CTL                Generate empty control files in the current directory. 
     123 
     124     -help|?             Prints this usage statement. 
    139125 
    140126 
    …… 
    321307                                 $CTL_OPT{split_hit}, 
    322308                                 $CTL_OPT{cpus}, 
    323                                  $CTL_OPT{_repeat_protein}, 
     309                                 $CTL_OPT{repeat_protein}, 
    324310                                 $CTL_OPT{_formater}, 
    325311                                 0, 
    …… 
    407393                                            $CTL_OPT{split_hit}, 
    408394                                            $CTL_OPT{cpus}, 
    409                                             $CTL_OPT{_est}, 
     395                                            $CTL_OPT{est}, 
    410396                                            $CTL_OPT{_formater}, 
    411397                                            0, 
    …… 
    440426                                            $CTL_OPT{split_hit}, 
    441427                                            $CTL_OPT{cpus}, 
    442                                             $CTL_OPT{_protein}, 
     428                                            $CTL_OPT{protein}, 
    443429                                            $CTL_OPT{_formater}, 
    444430                                            0, 
    …… 
    473459                                             $CTL_OPT{split_hit}, 
    474460                                             $CTL_OPT{cpus}, 
    475                                              $CTL_OPT{_altest}, 
     461                                             $CTL_OPT{altest}, 
    476462                                             $CTL_OPT{_formater}, 
    477463                                             0, 

  • lib/Dumper/GFF/GFFV3.pm

    r127 r146  
    674674        my $t_name  = $t->{t_name}; 
    675675        my $t_qi    = $t->{qi}; 
     676        my $AED     = $t->{AED}; 
     677        my $score   = $t->{score}; 
    676678 
    677679        my $t_s = $t_hit->strand('query') == 1 ? '+' : '-'; 
    …… 
    683685        my @data; 
    684686        push(@data, $seq_id, 'maker', 'mRNA', $t_b, $t_e, '.', $t_s, '.'); 
    685         my $nine = 'ID='.$t_id.';Parent='.$g_id.';Name='.$t_name;; 
     687        my $nine = 'ID='.$t_id.';Parent='.$g_id.';Name='.$t_name; 
     688           $nine .= ';aed='.$AED.'eval_score='.$score; 
    686689           $nine .= ';'.$t_hit->{-attrib} if($t_hit->{-attrib}); 
    687690        push(@data, $nine); 

  • lib/GI.pm

    r145 r146  
    21582158         $error .= "ERROR: Invalid predictor defined: $p\n". 
    21592159         "Valid entries are: est2genome, abinit, gff, snap, augustus,\n". 
    2160          "fgenesh, jigsaw, or twinscan\n\n"; 
     2160         "or fgenesh\n\n"; 
    21612161      } 
    21622162   } 
    …… 
    24942494   print OUT "augustus:$O{augustus} #location of augustus executable\n"; 
    24952495   print OUT "fgenesh:$O{fgenesh} #location of fgenesh executable\n"; 
    2496    print OUT "twinscan:$O{twinscan} #location of twinscan executable\n"; 
     2496#   print OUT "twinscan:$O{twinscan} #location of twinscan executable\n"; 
    24972497   print OUT "fathom:$O{fathom} #location of fathom executable\n"; 
    24982498   print OUT "\n"; 
    24992499   print OUT "#-----Other Algorithms\n"; 
    2500    print OUT "jigsaw:$O{jigsaw} #location of jigsaw executable\n"; 
    2501    print OUT "qrna:$O{qrna} #location of qrna executable\n"; 
     2500   print OUT "jigsaw:$O{jigsaw} #location of jigsaw executable (not yet implemented)\n"; 
     2501   print OUT "qrna:$O{qrna} #location of qrna executable (not yet implemented)\n"; 
    25022502   close(OUT); 
    25032503     

  • lib/Process/MpiChunk.pm

    r144 r146  
    469469                                               $CTL_OPT{split_hit}, 
    470470                                               $CTL_OPT{cpus}, 
    471                                                $CTL_OPT{_repeat_protein}, 
     471                                               $CTL_OPT{repeat_protein}, 
    472472                                               $CTL_OPT{_formater}, 
    473473                                               $self->{RANK}, 
    …… 
    754754                                               $CTL_OPT{split_hit}, 
    755755                                               $CTL_OPT{cpus}, 
    756                                                $CTL_OPT{_est}, 
     756                                               $CTL_OPT{est}, 
    757757                                               $CTL_OPT{_formater}, 
    758758                                               $self->{RANK}, 
    …… 
    872872                                               $CTL_OPT{split_hit}, 
    873873                                               $CTL_OPT{cpus}, 
    874                                                $CTL_OPT{_protein}, 
     874                                               $CTL_OPT{protein}, 
    875875                                               $CTL_OPT{_formater}, 
    876876                                               $self->{RANK}, 
    …… 
    987987                                                $CTL_OPT{split_hit}, 
    988988                                                $CTL_OPT{cpus}, 
    989                                                 $CTL_OPT{_altest}, 
     989                                                $CTL_OPT{altest}, 
    990990                                                $CTL_OPT{_formater}, 
    991991                                                $self->{RANK}, 

  • lib/evaluator/evaluate.pm

    r141 r146  
    1616use Fasta; 
    1717 
    18  
    1918use vars qw/$OPT_F $OPT_PREDS $OPT_PREDICTOR $LOG $CTL/; 
    2019#------------------------------------------------------------------------------ 
    …… 
    142141                                                       $blastx_hits, $abinits_hits, $t_name); 
    143142 
    144         my $txnAED = evaluator::AED::txnAED($box,{'start'=>1,'stop'=>1,'donor'=>1,'acceptor'=>1}); 
    145         my $overallAED =evaluator::AED::txnAED($box, {  'start'=>100, 
    146                                                         'stop'=>100, 
    147                                                         'donor'=>100, 
    148                                                         'acceptor'=>100, 
    149                                                         'exon'=>1, 
    150                                                      }  ); 
     143 
     144        #-----temporary fix for oomycete 
     145        my $txnAED = '';#evaluator::AED::txnAED($box,{'start'=>1,'stop'=>1,'donor'=>1,'acceptor'=>1}); 
     146        my $overallAED = '';#evaluator::AED::txnAED($box, {     'start'=>100, 
     147                            #                           'stop'=>100, 
     148                            #                           'donor'=>100, 
     149                            #                           'acceptor'=>100, 
     150                            #                           'exon'=>1, 
     151                            #                        }  ); 
    151152                                                 
     153        #----- 
     154 
     155 
     156 
    152157 
    153158        my $snap_backwards; 
    …… 
    177182        my $report = generate_report($eat, $box, $qi, $quality_seq, $splice_sites, 
    178183                                     $transcript_type, $completion, $alt, $score,  
    179                                        $so_code, $geneAED, $txnAED, $overallAED, 
    180                                        $solexa_for_splices, $gff3_identity, 
    181                                        $snap_backwards); 
     184                                     $so_code, $geneAED, $txnAED, $overallAED, 
     185                                     $solexa_for_splices, $gff3_identity, 
     186                                     $snap_backwards); 
    182187 
    183188        print STDERR "Finished.\n\n" unless $main::quiet; 

  • lib/maker/auto_annotator.pm

    r145 r146  
    2323use evaluator::funs; 
    2424use evaluator::AED; 
     25use shadow_AED; 
    2526 
    2627@ISA = qw( 
    …… 
    665666   my $g = shift; 
    666667    
    667    return $g->{eval}; 
     668   return $g->{AED}; 
    668669} 
    669670#------------------------------------------------------------------------ 
    …… 
    851852        $f->name($t_name); 
    852853 
    853         my $qi = 
    854         maker::quality_index::get_transcript_qi($f,$evi,$offset,$len_3_utr,$l_trans); 
     854        #my $qi = maker::quality_index::get_transcript_qi($f,$evi,$offset,$len_3_utr,$l_trans); 
    855855 
    856856        #----evaluator here 
    …… 
    859859        my $blastx_hits = get_selected_types($evi->{gomiph},'blastx', 'protein_gff'); 
    860860        my $abinits = $evi->{all_preds}; 
    861          
     861 
     862        my @bag = (@$pol_p_hits, 
     863                   @$pol_e_hits, 
     864                   @$blastx_hits 
     865                  ); 
     866 
     867        my $shadowAED = shadow_AED::get_AED(\@bag, $f);  
     868 
    862869        #holds evalutor struct 
    863870        my $eva = evaluator::evaluate::power_evaluate($f, 
    …… 
    875882                                                     ); 
    876883         
     884        my $AED   = $shadowAED; #$eva->{score}; 
    877885        my $score = $eva->{score}; 
    878         my $eva_qi    = $eva->{qi}; 
    879         die "$qi\t$eva_qi\n" if ($qi ne $eva_qi); 
    880         #my $score = 0; 
     886        my $qi    = $eva->{qi}; 
    881887        #---- 
    882  
     888        $t_name .= " AED:"; 
     889        $t_name .= sprintf '%.2f', $AED; # two decimal places 
    883890        $t_name .= " $qi"; 
    884891 
    …… 
    890897                        't_name'   => $t_name, 
    891898                        't_qi'     => $qi, 
    892                         'eval'     => $score, 
     899                        'AED'      => $AED, 
     900                        'score'    => $score, 
    893901                        'report'   => $eva->{report} 
    894902                    }; 
    …… 
    10681076      #---- 
    10691077       
    1070       my $eval = 0; 
     1078      my $AED = 0; 
     1079      my $score = 0; 
    10711080      my $i = 1; 
    10721081      foreach my $f (@{$c}) { 
    …… 
    10771086                                $geneAED, $alt_spli_sup, $the_void, $CTL_OPTIONS); 
    10781087         push(@t_structs, $t_struct); 
    1079          $eval = $t_struct->{eval} if($t_struct->{eval} > $eval); 
     1088         $score = $t_struct->{score} if($t_struct->{score} > $AED); 
     1089         $AED = $t_struct->{AED} if($t_struct->{AED} > $AED); 
    10801090         $i++; 
    10811091      } 
    …… 
    10881098                         'g_end'     => $g_end, 
    10891099                         'g_strand'  => $g_strand, 
    1090                          'eval'      => $eval, 
     1100                         'score'     => $score, 
     1101                         'AED'       => $AED, 
    10911102                         'predictor' => $predictor, 
    10921103                         'so_code'   => $so_code